A coleção da Fundação Joana Vasconcelos divide-se em dois núcleos: o principal, centrado na preservação da obra da artista; e o secundário, que prevê a constituição de um acervo de obras de artistas nacionais e internacionais, de diversos campos da criação, que cruzem (ou tenham cruzado) o percurso profissional ou pessoal de Joana Vasconcelos.
Para a preservação da obra da artista, a Fundação pretende conservar obras únicas do corpo de trabalho de Joana Vasconcelos ou provas de artista das suas obras mais icónicas. A par, está prevista a constituição de um importante acervo documental.